Después del levantamiento armado del EZLN en 1994, el gobierno mexicano implementó inmediatamente una política de contrainsurgencia de manera deliberada y encaminada a exterminar al EZLN, a sus bases de apoyo y a cualquier persona u organización de la sociedad civil cuyas demandas incomodaran al gobierno. El gobierno mexicano, para poder exterminar al EZLN, utilizó las mismas estrategias de guerra, utilizadas en centro-américa en los años 80s para combatir a la guerrilla, es decir quitar su fuerza o base de apoyo, dicho de otra manera, envenenando el agua al pez. Al gobierno mexicano no le convenía masacrar con el ejército directamente al EZLN, ésta, sola se acaba quitándole su fuerza: la población civil.
En la implementación de esta política de contrainsurgencia (iniciada en la Zona Norte-Selva de Chiapas), el Estado Mexicano creó, financió, entrenó y encubrió a grupos paramilitares que cometían ataques sistemáticos contra la población, consistentes principalmente en ejecuciones, desplazamientos forzados, desapariciones forzadas, privaciones arbitrarias de la libertad y tortura. Es bajo este contexto y este mismo patrón de conducta, que ocurre la Masacre en Acteal, de manera similar, se da la masacre de Viejo Velasco, el 13 de noviembre de 2006. El gobierno utiliza a las comunidades indígenas para generar un conflicto y luego convertirlo en un conflicto intercomunitario, en vez de resolver el conflicto agrario ancestral y asumir su responsabilidad en el cumplimiento de los Acuerdos de San Andrés, el Convenio 169 de la OIT . Los pueblos indígenas y tribales tienen el Derecho al Territorio, la Libre determinación
.
La masacre de Viejo Velasco, se dio en un contexto de reivindicación del derecho al territorio en el ámbito de Derechos de Pueblos Indígenas y de violaciones sistemáticas por el Estado mexicano, en cuanto a la implementación de políticas agrarias y ambientales, que han generado procesos de despojo territorial, despojos de los recursos naturales codiciados por las grande empresas trasnacionales y la guerra de exterminio de los pueblos indígenas, mediante el desplazamiento forzado o reubicación condicionada de 20 comunidades tzeltales y choles entre el año 2003 y 2004, previo a la masacre de Viejo Velasco. Durante todo este periodo, las amenazas de desalojo violento continuaron sobre 10 comunidades choles, ubicadas en la llamada zona el Desempeño dentro de la zona lacandona. Durante el 2005, solamente 6 de las 10 comunidades mencionadas logran su certeza jurídica, 4 quedan sin protección, en este caso, la agresión y el desprecio continuaron contra estos cuatro poblados: Viejo Velasco, Flor de Cacao, Ojo de Agua Tsotsil y San Jacinto Lacanjá.
A lo largo del año 2006, diversas ONG´S, entre ellas el Comité de Defensa de la Libertad Indígena Xi´nich, Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de las Casas, Maderas del Pueblo y Global Exchange entre otras, emitieron diversos comunicados y alertas, advirtiéndole a los Gobiernos Federal y del Estado el temor de que se hicieran realidad las amenazas de agresión violenta por parte de los habitantes de las comunidades de Nueva Palestina, de corte paramilitar pertenecientes a la OPDIC, Frontera Corozal y Lacanjá Chansayab, quienes han sido protegidos y beneficiarios eternamente de los recursos del estado, con el argumento de que son los cuidadores de la Selva Lacandona. Por lo tanto, concluimos:
El Estado es responsable por los hechos ocurridos el 13 de noviembre de 2006 ya que creó una situación de incertidumbre jurídica por la tenencia de la tierra en una zona rica en biodiversidad y con un fuerte atractivo turístico. Además, el gobierno, incumplió la palabra empeñada en la mesa de El Limonar en donde se comprometió a poner fin el conflicto agrario ancestral que llevaba más de 30 años sin resolver, no otorgó certeza jurídica y regularización de tierra El desempeño a cuatro comunidades, de las 28 presentes en la Mesa Interinstitucional El Limonar, entre éstas la de Viejo Velasco.
Ell Estado es responsable por acción ya que, con fecha 2 de abril de 2007 en respuesta a una solicitud de información por parte de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), el Estado relató que el 13 de noviembre de 2006 hubo un operativo policiaco en la comunidad de Viejo Velasco:
El 13 de noviembre del 2006, se llevó a cabo un operativo en el Ejido Viejo Velasco, en el que participaron 5 Fiscales del Ministerio Público, 2 peritos, el Comandante Regional Zona Selva de la Agencia Estatal de Investigación, 7 elementos a su mando, así como 300 elementos de la Policía Sectorial, de la Secretaría de Seguridad Pública del Estado de Chiapas y un representante de la Secretaría de Desarrollo Social.
De acuerdo con la lógica en que el Estado Mexicano narra los hechos en su informe, todo parece indicar que dicho Operativo fue producto de la Averiguación Previa ZS96/012/2006 por privación ilegal de la libertad, e iba encaminado a la liberación de algunas personas retenidas. Es decir, se trataba de una acción planeada por las autoridades.
Los responsables materiales: Un grupo de sub-comuneros de Nueva Palestina, de la OPDDIC, grupo paramilitar.
Los responsables intelectuales: Los 3 negociadores de la mesa El Limonar,
Gabriel Montoya Oceguera, Delegado Regional de Benemérito de las Américas,
Rafael Arellanes, Operador Político del gobierno del Estado.
Arturo Márquez, Delegado Agrario del Estado de Chiapas.
Martha Cecilia Díaz Gordillo, Representante Especial de la Reforma Agraria Federal y del Grupo Operativo para la atención de la Reserva de Biósfera Montes Azules y la Zona Lacandona.
Pablo Salazar Mendiguchía, Exgobernador del Estado de Chiapas.
Vicente Fox Quezada; Expresidente de la República Mexicana.