Desde 1990, la Secretaría de Marina-Armada de México (Semar) y la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) han establecido centros de práctica de tiro y adiestramiento militar en zonas serranas y boscosas de municipios como Xalatlaco, en el estado de México, y en las delegaciones Milpa Alta y Tlalpan, en el Distrito Federal, en los límites con Morelos. Los centros se localizan en lugares identificados como Llano de la Cantimplora o el predio de El Capulín, en territorio mexiquense, así como el cráter del volcán Yecahuaza, y en inmediaciones del volcán Xitle. En 1996 La Jornada publicó que tanto Semar como Sedena negociaban con comuneros o ejidatarios la adquisición de predios para sus prácticas en áreas localizadas en el corredor ecológico Ajusco-Chichinautzin. Entre los casos de los cuales se cuenta con información pública, se encuentran las negociaciones iniciadas en 1995 por parte de la Sedena con comuneros de los pueblos de San Miguel y Santo Tomás Ajusco para adquirir 150 hectáreas, ya que desde esa fecha varios días a la semana contingentes de 600 a mil 200 efectivos realizaban prácticas en sus terrenos. El interés de las instituciones castrenses se debe a las condiciones climáticas y topográficas del terreno, ya que permite simular operaciones en zonas de difícil acceso, explicó a La Jornada en 1996 el entonces delegado de Tlalpan, Alfonso del Río Pintado.

En aquel año, Luis García Palomares, presidente de bienes comunales de Santo Tomás y San Miguel Ajusco, informó que desde 1947 no se realizaban prácticas militares en los terrenos donde la Sedena pretendía capacitar sus integrantes.

Por su parte, la Semar contaba, desde 1993, con instalaciones en la zona del Ajusco, en las faldas del Xitle. Sin embargo, en 1996 los comuneros de San Pedro Totoltepec exigieron a la dependencia federal que les devolvieran las tres hectáreas que ocupaban, porque no cumplieron con obras de beneficio social. En el sitio la Semar había instalado trincheras y otros implementos que servían para acondicionamiento físico y prácticas de tiro.

Asimismo, marinos y militares utilizan zonas cercanas a las Lagunas de Zempoala y una zona conocida como La Loba en territorio del estado de México colindante con Morelos.

De igual manera, el cráter del volcán Yecahuaza, localizado en terrenos comunales de Milpa Alta, era ocupado por miembros de la Semar para prácticas de tiro y explosivos desde 1990. Seis años después por medio del oficio BI/177.174, la dependencia informó a los comuneros que en esa zona realizaba maniobras de ataques simulados, navegación nocturna terrestre y campamento provisional, y solicitaba que le fueran entregadas en cesión definitiva 400 hectáreas para crear el centro de adiestramiento.